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当人类在发现和研究微生物之前,把一切生物分成截然不同的两大界- 动物界和植物界。随着人们对微生物认识的逐步深化,从两界系统经历过三界系统、四界系统、五界系统甚至六界系统,直到70 年代后期,美国人 Woese等发现了地球上的第三 生命形式 -古菌,才导致了生命 三域学说 的诞生。该学说认为生命是由古菌域(Archaea) 、细菌域 (Bacteria)和真核生物域 (Eucarya) 所构成。古菌域包括嗜泉古菌界(Crenarchaeota) 、广域古菌界 (Euryarchaeota)和初生古菌界 (Korarchaeota) ;细菌域包括细菌、放线菌、蓝细菌和各种除古菌以外的其它原核生物;真核生物域包括真菌、原生生物、动物和植物 。除动物和植物以外,其它绝大多数生物都属微生物范畴。由此可见,微生物在生物界级分类中占有特殊重要的地位。
生命进化一直是人们关注的热点。Brown 等依据平行同源基因构建的"Cenancestor" 生命进化树,认为生命的共同祖先 Cenancestor是一个原生物。原生物在进化过程中产生两个分支,一个是原核生物 ( 细菌和古菌) ,一个是原真核生物,在之后的进化过程中细菌和古菌首先向不同的方向进化,然后原真核生物经吞食一个古菌,并由古菌的 DNA取代寄主的 RNA 基因组而产生真核生物(图片来源于网络)。
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